Lacs, étangs et rivières, des milieux diversifiés
La Champagne humide, dont le substrat est à dominante argileuse, offre une très grande diversité de milieux aquatiques et zones humides. Deux grands groupes se distinguent : les eaux stagnantes et les eaux courantes.
Les lacs
Les lacs-réservoirs (4500 ha en eau) sont destinés à la protection de la région parisienne contre les inondations et au soutien d'un niveau d'eau minimum dans la Seine en période de sécheresse. La création de ces milieux totalement artificiels a cependant permis l'installation d'un grand nombre d'espèces animales et végétales, dont la vie est entièrement influencée par les variations du niveau d'eau.
Les étangs
Au moyen-âge, la Champagne humide, coeur du Parc, était une zones de marécages peu salubres. De grands travaux furent entrepris par les moines cisterciens dans ces zones inhabitées. Ainsi ils construisirent de nombreux étangs en "chaîne" qui leur permettaient à la fois de drainer ces marécages et d'élever des poissons. Les étangs encore présents aujourd'hui ont survécu à la campagne d'assèchement menée lors de la Révolution.
Aujourd'hui une centaine d'étangs, tous privés, sont encore ou à nouveau en eau dans le Parc. Ils représentent une surface d'environ 400 ha.
Les mares
Les mares, forestières ou prairiales, étaient très utilisées en Champagne humide pour l'abreuvement du bétail. En Champagne crayeuse, leur présence permettait d'avoir une réserve d'eau en cas d'incendie. De nombreuses mares ont été créées pour des besoins indistriels tels que l'extraction de tourbe ou d'argile, ou servaient de rouissoirs pour le chanvre ou le lin. Aujourd'hui, les progrès techniques et l'évolution de l'agriculture les rendent souvent inutiles voire gênantes, d'où leur destruction par abandon ou comblement.
Toutefois il existe encore plus de 300 mares dans le Parc avec des usages ayant généralement évolué vers l'agrément.
Les rivières
Le Parc naturel régional de la Forêt d'Orient est inclus dans la partie amont du bassin versant du fleuve de la Seine.
Sur le territoire, les eaux courantes se déclinent en zones de sources et petits rus forestiers pouvant être permanents ou temporaires, en rivières et en fleuves.
Les vallées de l'Aube et de la Seine ont apporté avec elles des sables et graviers très utilisés dans les constructions. Leur extraction fait donc l'objet d'un commerce depuis une cinquantaine d'années. Les gravières sont le résidu de l'exploitation de gisements de graviers dans ces vallées alluvionnaires. La nappe phréatique y affleure, remplissant le trou créé, au fur et à mesure, par l'extraction. Aujourd'hui, la majeure partie des gravières est rebouchée après exploitation mais il en existe encore plus de 200 dans le Parc. Elles sont, le plus souvent, de petite taille et représentent environ 160 ha d'eau.